(1)不要將所有文件都存放在根目錄下。因為這樣會造成文件管理混亂，上傳速度慢等不利影響，所以建議用戶盡可能減少根目錄的文件存放數。

  (2)按欄目的內容建立子目錄。子目錄的建立，首先按主菜單欄目建立。例如，網頁教程類站點可以根據技術類別分別建立相應的目錄，像Flash、Dhtml、JavaScript等;企業站點可以按公司簡介，產品介紹，價格，在線定單，反饋聯系等建立相應目錄。其他的次要欄目，類似友情連接內容較多，需要經常更新的可以建立獨立的了目錄。而一些相關性強，不需要經常更新的欄目。例如，關于本站，關于站長，站點經歷等可以合并放在一個統一目錄下。所有程序一般都存放在特定目錄下。

  (3)在每個主目錄下都建立獨立的Images目錄。一般在默認情況下，一個網站根目錄下都有個默認的Images目錄。它將所有的圖片部存放在這個目錄中很不方便，例如在刪除文件欄目時，圖片的處理相當麻煩，所以為每個文件的主欄目建立一個獨立的Images目錄是很必要的。

  (4)其他目錄的層次不要過于復雜，一般情況下不超過3層。不要使用中文目錄名，使用中文目錄名可能對網址的正確顯示會造成困難。不要使用過長的目錄名，太長的名字不便于記憶。盡量使用意義明確的目錄名，以便于記憶和管理，使用簡單的英文單詞或者漢語拼音以及其縮寫形式做目錄名。