SEO側重于網頁中關鍵詞堆砌與外部鏈接建造，不對網站結構與網站內部存在的一些不利于搜索引擎的因素進行修改，依據客戶提供的少數幾個關鍵詞進行優化，通過修改首頁以及增加外部鏈接來達到關鍵詞排名上升的目的，而且只針對單個網站的修改優化，優化效果不能持續，存在一定的風險性。
  而整站優化則是通過修改不利于查找引擎的弊端要素以及對網站整體結構的調整來取得查找引擎的友好度，從而使網站整體關鍵詞排名靠前，包括熱門關鍵詞、產品關鍵詞以及更多長尾詞的排名。整站優化更合適網站的持續性發展，通過合理地優化網站結構層次，利于網站管理，提升用戶對網站的認知，所以整站優化的效果是需要累積的。
   一般來說整站優化可以從內外兩個方面做起，對內要盡量選擇一些熱度較低的長尾詞，一點一點的進行優化，同時也要根據自己的業務需求去做優化，例如自己的業務地區和內容，這樣針對的用戶群體比較準確，容易提升轉化率。對外換一些友情鏈接來做外鏈建設，但是要注意一下自己的原創被剽竊，友情鏈接網站是否有被降權等等，否則反而會降低優化速度。
   總的來說，整站優化不是以某一關鍵詞為目的，而是針對網站整體的優化，從專業的角度而言，關鍵詞排名其實包含在整站優化之中，就像是域名選擇、網站結構、內容建設、訪客體驗等多個方面，最終的目的是要提升整個網站的瀏覽效果，相對于SEO來說，整站優化需要一個長期持續的優化時間，通過不斷地積累，更加穩定的助力網站發展。